全島呈不規則蝴蝶狀，面積1.48平方公里，東西長1500米，南北寬1100米，蜈支洲島的海岸線全長5.7公里，南部最高峰海拔79.9米。   島東、南、西三面漫山疊翠，85科2700多種原生植物郁郁蔥蔥，不但有高大挺拔的喬木，也有繁茂葳蕤的灌木, 其中不但有從恐龍時代流傳下來的桫欏這樣的奇異花木，還生長著迄今為止地球上留存下來最古老的植物，號稱“地球植物老壽星”的龍血樹，寄生、絞殺等熱帶植物景觀隨處可見。     臨海山石嶙峋陡峭，直插海底，驚濤拍岸，蔚為壯觀。中部山林草地起伏逶迤，綠影婆娑。北部灘平浪靜，沙質潔白細膩，恍若玉帶天成。    四周海域清澈透明，海水能見度6—27米，水域中盛產夜光螺、海參、龍蝦、馬鮫魚、海膽、鯧魚及五顏六色的熱帶魚，南部水域海底有著保護很好的珊瑚礁，是世界上為數不多的惟一沒有礁石或者鵝卵石混雜的海島，是國內最佳潛水基地。極目遠眺，煙波浩渺，海天一色。